陸稲ネリカ品種を識別・分類できるDNAマーカー

要約

DNAマーカーを用いた陸稲ネリカ18品種のゲノム染色体構成解析に基づいて選定されたDNAマーカーは、陸稲ネリカ18品種を11の単独品種及び3つの品種グループとして識別・分類できる。

背景・ねらい

アフリカにおけるコメ増産を目指して、陸稲ネリカ(New Rice for Africa: NERICA)18品種がアフリカライスセンター(AfricaRice)で開発されたが、これら品種間の識別については圃場における観察によって行われている。しかし、互いに特性が類似していたり、栽培環境によって特性が変動したりするなど、肉眼観察では品種の識別が困難な場合がある。このため、陸稲ネリカ18品種のゲノム染色体構成をDNA(SSR)マーカーを用いて解析し、各品種を識別・分類できるDNAマーカーを選定する。

成果の内容・特徴

  1. 243種のSSRマーカーの多型情報に基づき選定した18種のSSRマーカーは、陸稲ネリカ18品種を11の単独品種及び3つの品種グループに識別・分類できる。
  2. 陸稲ネリカ1、5、6、7、10、14、17は各1種類のSSRマーカーで識別することができる。
  3. 陸稲ネリカ2、12、13および18のように1種類のSSRマーカーで識別できないものは複数個のSSRマーカーの多型の組合せで識別する。
  4. 3つの品種グループ(陸稲ネリカ3と4、陸稲ネリカ8、9および11、陸稲ネリカ15と16)内では、異なる多型を示すSSRマーカーがなく、区別することができない。
  5. 陸稲ネリカには育成過程における他品種との交雑や交配親系統の雑種性によるものと推定される由来不明の染色体断片があり、このような領域上のものも識別マーカーとして選ばれている。

成果の活用面・留意点

  1. 本成果は、陸稲ネリカの種子生産や管理および陸稲ネリカを用いた育種に活用できる。
  2. ゲノム染色体構成を解析した陸稲ネリカの植物体は、AfricaRiceから分譲された種子をJIRCASで栽培、増殖した種子に由来する。

具体的データ

  1. 表1 陸稲ネリカの識別DNA(SSR)マーカー
所属

国際農研 生物資源・利用領域

分類

研究A

研究プロジェクト

[アフリカ稲作振興] アフリカにおけるコメ生産向上のための技術開発

プログラム名

食料安定生産

予算区分

交付金 » アフリカ稲作振興

研究期間

2012年度(2011~2015年度)

研究担当者

柳原 誠司 ( 生物資源・利用領域 )

見える化ID: 001780

福田 善通 ( 熱帯・島嶼研究拠点 )

科研費研究者番号: 40399374
見える化ID: 001798

生井 幸子 ( 生物資源・利用領域 )

科研費研究者番号: 70442720

冨久尾 ( 生物資源・利用領域 )

小仁所 邦彦 ( 長野県南信農業試験場 )

常松 浩史 ( 生物資源・利用領域 )

科研費研究者番号: 50360392

神代 ( 生物資源・利用領域 )

ほか
発表論文等

Yoshimichi Fukuta et al.(2012). Breeding Science 62:27-37

日本語PDF

2012_10_A4_ja.pdf55.24 KB

English PDF

2012_10_A4_en.pdf127.99 KB